Данный продукт во многом является аналогом (а местами и гораздо более функционален) коммерческого пакета Vector NTI, однако отличается кроссплатформенностью, поддержкой возможностей современного железа (многопоточность, CUDA) и возможностью самому писать плагины либо мышекликабельно создавать вычислительные цепочки из плагинов уже существующих.

Основные возможности:
- Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3 и MUSCLE 4;
- Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
- Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
- Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
- Филогенетический анализ с помощью Phylip;
- Поиск сайтов рестрикции;
- Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
- Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
- Поиск открытых рамок считывания;
- Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана

Некоторые из ожидаемых возможностей:
Рисование (поузловое рисование; шаблоны для распространённых колец; расширение общих групп; рисование радикалов, зарядов, стрелок; поддержка цвета ...)
Редактирование (неограниченные возможности отмены и повтора; выравнивание; масштабирование; вращение (2D и 3D) ...)
Экспорт и импорт (полностью поддерживается экспорт в форматы SVG, OpenOffice.Org-Draw, EPS; базовая поддержка импорта и экспорта CML1 и CML2)

Eclipse — в первую очередь полноценная Java IDE, нацеленная на групповую разработку, снабжённая средствами для работы с системами контроля версий (поддержка CVS входит в поставку Eclipse, активно развиваются несколько вариантов SVN-модулей, существует поддержка VSS и других). В силу бесплатности и высокого качества во многих организациях Eclipse — корпоративный стандарт для разработки приложений.
Второе назначение Eclipse — служить платформой для разработки новых расширений (чем и завоевал популярность — любой разработчик может расширить Eclipse своими модулями). Таковыми стали C/C++ Development Tools (CDT), разрабатываемые инженерами QNX совместно с IBM, COBOL, FORTRAN, PHP средства от различных разработчиков. Множество расширений дополняет Eclipse менеджерами для работы с базами данных, серверами приложений и др.
С версии 3.0 Eclipse стал не монолитной поддерживающей расширения IDE, а набором расширений. В основе лежат фреймворк OSGi и SWT/JFace, на основе которых разработан следующий слой — платформа для разработки полноценных клиентских приложений RCP (Rich Client Platform). Платформа RCP служит основой для RCP-приложений, таких как Azureus и File Arranger. Следующий слой — платформа Eclipse, представляющая собой набор расширений RCP — редакторы, панели, перспективы, модуль CVS и модуль Java Development Tools (JDT)

Code::Blocks is a cross-platform Integrated Development Environment (IDE). It is based on a self-developed plugin framework allowing unlimited extensibility. Most of its functionality is already provided by plugins. Plugins included in the base package are:
* Compiler frontend to many free compilers
* Debugger frontend for GDB
* Source formatter (based on AStyle)
* Wizard to create new C++ classes
* Code-completion / symbols-browser (work in progress)
* Default MIME handler
* Wizard to create new Code::Blocks plugins
* To-do list
* Extensible wizard based on scripts
* Autosave (saves your work in the unfortunate case of a crash)

Android Studio это Интегрированная среда разработки (ІСР) для Android платформы. Основываясь на программном обеспечении JetBrains 'IntelliJ IDEA, Android Studio разрабатывается специально для разработки под Android.

Возможности:
(см. подробнее)

SimulIDE is a simple electronic circuit simulator. It allows you to interactively simulate analog and digital circuits, as well as work with microcontrollers. It includes a variety of ready-made components and a built-in code editor.

It supports PIC, AVR, Arduino, and other microcontrollers and microprocessors.

Features:

KAlgebra является алгебраической графический калькулятор с поддержкой 3D-графики и MathML языка разметки

Программа для создания двумерных рисунков молекул. Она похожа по функциональности на другие графические программы, например, ChemDraw.
Она может читать и писать разные форматы текстовых и бинарных файлов, чтобы позволяет обмениваться информацией между XDrawChem и другими программными приложениями, а также может создавать изображения в популярных графических форматах, таких как PNG и EPS

Griffon IDE - это интегрированная среда (IDE) для HTML, Bash, Perl, PHP, C и т.д.

Позволяет генерировать исходный код в несколько кликов, избегая ловушек. Имеет автодополнения, встроенный терминал, управление проектом на C, автоматическую замену текста.

Integrated application development environment (IDE) in the programming languages Java, JavaFX, Ruby, Python, C++, PHP, JavaScript/HTML5, Groovy and several others. To support development for mobile platforms (J2ME), you must install the NetBeans Mobility Pack separately.

In terms of quality and capabilities, NetBeans IDE is not inferior to the best commercial (paid) integrated development environments, supporting refactoring, profiling, highlighting syntactic structures with color, autocompletion of typed structures on the fly, many predefined code templates, and more.