Gramps is a program for genealogical research. It is an extremely flexible program that meets the needs of both the amateur genealogist and the serious genealogical researcher. Allows you to store, edit, and research genealogical data.
Has the ability to import GEDCOM files exported from many proprietary genealogy programs and can generate a large number of reports in many popular formats. This allows any piece of information to be entered directly into Gramps and any event to be manipulated across the entire database (in any order), helping the user research, analyze and find connections with the ability to fill gaps in relationships.

Vym (View Your Mind) is a mind diagramming program. It is useful for organizing thoughts and working on structuring something.
A connection diagram (mind map, mindmap) is a color radial diagram with an image in the center, illustrating semantic and other connections between parts of scientific material.
For example, it can graphically illustrate the structure of a dissertation plan, a project plan, or the structure of government institutions in an area.
Communication diagrams have many applications in personal, family, educational, and business situations.
Opportunities include note-taking, brainstorming, summarizing, revising, and general clarification of thoughts.

содержит гораздо больше информации о периодической системе Менделеева, чем любой студент университета когда-либо хотел бы узнать. Приложение также решает химические уравнения, показывает изображения элементов и содержит полезный словарь терминов

IDLE is an Integrated Development Environment for Python.
IDLE is written using Tkinter and is therefore available on different operating systems.

KAlgebra является алгебраической графический калькулятор с поддержкой 3D-графики и MathML языка разметки

QtiPlot - программное обеспечение для анализа и визуализации научных данных.
QtiPlot по функциональности похож на Origin и SigmaPlot, и используется для их замены в институтах. QtiPlot может использоваться для создания 2D и 3D графиков и содержит большое количество функций для анализа данных, таких как аппроксимация кривых и т.п.
При построении 3D-графиков рендеринг может производиться с использованием OpenGL при помощи библиотеки Qwt3D

The Mars Simulation Project is a project aimed at simulating future human settlements on Mars.
The primary goal of this software is to enable the simulation of future human settlements on Mars, including social modeling (simulating the behavior of scientists, engineers, doctors, technicians, etc.) in a virtual Martian environment.

Chemtool - 2D-редактор для рисования химических соединений под X11 (используется GTK+). Он поддерживает много стилей соединения, большую часть видов отображения текста, используемых в химии и сплайновые/дуговые/кривые стрелки.
Рисунки можно экспортировать в форматы MOL и PDB, для дальнейшего описания - в SVG или XFig, в виде рисунков PiCTeX, в растровые или Postscript файлы (для некоторых операций используется программа из XFig -- transfig).
Также пакет содержит вспомогательную программу, cht, для вычисления формул и (точного) молекулярного веса нарисованного элемента файла chemtool. Cht может вызываться прямо из Chemtool или из консоли.

GeoGebra — свободно-распространяемая (GPL) динамическая геометрическая среда, которая даёт возможность создавать чертежи в планиметрии, в частности, для построений с помощью циркуля и линейки.
Кроме того, у программы богатые возможности работы с функциями (построение графиков, вычисление корней, экстремумов, интегралов и т.д.) за счёт команд встроенного языка (который, кстати, позволяет управлять и геометрическими построениями).
Программа написана Маркусом Хохенвартером на языке Java (соответственно кроссплатформенная, то есть работает на большом числе операционных систем, где есть виртуальная машина java). Переведена на 39 языков. Полностью поддерживает русский язык

GRASS (Geographic Resources Analysis Support System) - это геоинформационная система (GIS), используемая для обработки и анализа геопространственных данных, обработки изображений, создания графики и карт, пространственного моделирования и визуализации. В настоящее время GRASS применяется в академической и коммерческой деятельности, используется многими правительственными агентствами и экологическими консалтинговыми компаниями.