Thonny is a simple Python IDE with features useful for learning programming.

It comes with a debugger which is able to visualize all the conceptual steps taken to run a Python program (executing statements, evaluating expressions, maintaining the call stack). There is a GUI for installing 3rd party packages and special mode for learning about references.

Integrated application development environment (IDE) in the programming languages Java, JavaFX, Ruby, Python, C++, PHP, JavaScript/HTML5, Groovy and several others. To support development for mobile platforms (J2ME), you must install the NetBeans Mobility Pack separately.

In terms of quality and capabilities, NetBeans IDE is not inferior to the best commercial (paid) integrated development environments, supporting refactoring, profiling, highlighting syntactic structures with color, autocompletion of typed structures on the fly, many predefined code templates, and more.

Kst - это утилита для быстрого построения и просмотра в режиме реального времени графиков и диаграмм, построенных на базе наборов данных большого объема. Программа имеет богатые возможности анализа данных, функциональность расширяется с помощью плагинов. Kst имеет большой набор функций по обработке и визуализации данных, фильтрации и аппроксимации кривых, а также позволяет напрямую редактировать построенные графики. Программа имеет как графический интерфейс, так и интерфейс командной строки, поддерживает несколько популярных форматов данных и высококачественный экспорт в растровые и векторные форматы.

Некоторые из ожидаемых возможностей:
Рисование (поузловое рисование; шаблоны для распространённых колец; расширение общих групп; рисование радикалов, зарядов, стрелок; поддержка цвета ...)
Редактирование (неограниченные возможности отмены и повтора; выравнивание; масштабирование; вращение (2D и 3D) ...)
Экспорт и импорт (полностью поддерживается экспорт в форматы SVG, OpenOffice.Org-Draw, EPS; базовая поддержка импорта и экспорта CML1 и CML2)

Проект gEDA - набор инструментов системы автоматизированного проектирования электроники. Эти инструменты используются для проектирования электронных устройств, создания схемотехники, симуляции, создания прототипов и производства.

Проект gEDA предлагает сложившийся инструментарий проектирования электронных устройств, состоящий из программ для создания схемотехники, редактирования атрибутов, создания списка элементов, списка соединений (в более чем 20-ти форматах), аналоговой и цифровой симуляции и топологии печатной платы

QtiPlot - программное обеспечение для анализа и визуализации научных данных.
QtiPlot по функциональности похож на Origin и SigmaPlot, и используется для их замены в институтах. QtiPlot может использоваться для создания 2D и 3D графиков и содержит большое количество функций для анализа данных, таких как аппроксимация кривых и т.п.
При построении 3D-графиков рендеринг может производиться с использованием OpenGL при помощи библиотеки Qwt3D

Chemtool - 2D-редактор для рисования химических соединений под X11 (используется GTK+). Он поддерживает много стилей соединения, большую часть видов отображения текста, используемых в химии и сплайновые/дуговые/кривые стрелки.
Рисунки можно экспортировать в форматы MOL и PDB, для дальнейшего описания - в SVG или XFig, в виде рисунков PiCTeX, в растровые или Postscript файлы (для некоторых операций используется программа из XFig -- transfig).
Также пакет содержит вспомогательную программу, cht, для вычисления формул и (точного) молекулярного веса нарисованного элемента файла chemtool. Cht может вызываться прямо из Chemtool или из консоли.

Colobot (Colonize with Bots) is a game aimed at teaching programming through fun. You play the role of an astronaut traveling with robot assistants in search of a planet to colonize.
The game features real-time 3D graphics and the C++ and Java-like object-oriented language CBOT, which can be used to program the robots available in the game.

GCompris is a large collection of educational games and exercises for children from 2 to 10 years old. Some of the exercises are presented in a playful way, but they are also educational.

GCompris currently contains over 100 exercises. Here is a list of activity categories with some examples:

An object-oriented dialect of the BASIC language, complemented by an integrated development environment and running on GNU/Linux and other UNIX-like operating systems.

It is a tool similar to Visual Basic in terms of developing Basic programs.

Gambas was conceived as an alternative for Microsoft Visual Basic developers who decided to switch to GNU/Linux