GeoGebra — свободно-распространяемая (GPL) динамическая геометрическая среда, которая даёт возможность создавать чертежи в планиметрии, в частности, для построений с помощью циркуля и линейки.
Кроме того, у программы богатые возможности работы с функциями (построение графиков, вычисление корней, экстремумов, интегралов и т.д.) за счёт команд встроенного языка (который, кстати, позволяет управлять и геометрическими построениями).
Программа написана Маркусом Хохенвартером на языке Java (соответственно кроссплатформенная, то есть работает на большом числе операционных систем, где есть виртуальная машина java). Переведена на 39 языков. Полностью поддерживает русский язык

CodeLite is a powerful and lightweight IDE specializing in C, C++, PHP and Javascript.

Its features include:
* Generic support for compilers
* Built-in GDB support
* Database-based Code Completion mechanism
* Syntax highlighting for C/C++, Java, Perl, XML, Makefile, Lua, Diff files, PHP, JavaScript, Python, HTML, and ASP
* Text Folding
* doxygen comment generator.

GNS3 (graphical network simulator) — мощный симулятор, позволяющий эмулировать сети большого размера. Полезен администраторам и инженерам, а также пользователям, которые готовятся к сдаче сертификатов Cisco (CCNA, CCNP, CCIP, CCIE) и Juniper Networks (JNCIA, JNCIS, JNCIE). Кроме образов Cisco IOS, GNS3 умеет работать с olive образами JunOS.
Возможна эмуляция простых Ethernet, ATM и Frame Relay свитчей и файеров (ASA, PIX). Позволяет подключить виртуальный свитч к сетевой карте реальной или виртуальной системы. Все настройки производятся в интуитивно понятной графической среде.

Маленькая программа, основанная на X/GTK+, позволяет просматривать периодическую таблицу химических элементов и некоторую, более детальную, информацию о каждом элементе. На данный момент доступно 118 элементов

Java-приложение, которое управляет вашей карточки на знаменитую систему Лейтнер и делает запоминание фактов не только более эффективными, но и веселее.
Он управляет всей вашей успехи в учебе и особенностей категорий, статистических данных и визуально привлекательным и интуитивно понятный интерфейс

Kig это приложение для интерактивного геометрическую конструкцию, что позволяет студентам рисовать и изучать математические фигуры и концепции с помощью компьютера.
Kig поддерживает макросы и скрипты использованием Python. Она может импортировать и экспортировать файлы в различных форматах, включая SVG, Кабри, доктор Geo, KGeo, KSeg и XFig

SQLiteman — инструмент администрирования баз данных sqlite3 в графическом интерфейсе очень прост в использовании.

This is a fully ready-to-use molecular visualization (molecular imaging) system for use in structural biology.
It allows to create high-quality three-dimensional images of both small molecules and biological macromolecules, primarily proteins.
About a quarter of all published images of protein structures in the scientific literature are made with PyMOL.

GRASS (Geographic Resources Analysis Support System) - это геоинформационная система (GIS), используемая для обработки и анализа геопространственных данных, обработки изображений, создания графики и карт, пространственного моделирования и визуализации. В настоящее время GRASS применяется в академической и коммерческой деятельности, используется многими правительственными агентствами и экологическими консалтинговыми компаниями.

Есть возможность создать свою физическую модель, приложить различные силы и запульнуть какой-нибудь кубик далеко и надолго