Графическая среда для визуализации массивов данных на основе библиотеки MathGL, позволяет легко просматривать, манипулировать и строить наборы данных и формул.
А также:
✔широкий спектр графических эффектов с простым языком сценариев MGL;
✔поворот, масштабирование и GIF-анимация;
✔поддержка сглаживания освещения, прозрачности, произвольных криволинейных координат, TeX-символов и формул;
✔таблицы для редактирования данных с поддержкой 3-мерных массивов;
✔набор для обработки данных (сглаживание, изменение размеров, кадрирование и др.);
✔экспорт в растровые и векторные форматы (PNG, JPEG, EPS или SVG)

Mockup - создание макетов интерфейсов (GUI-макетов). Пригодится в первую очередь дизайнерам интерфейсов и разработчикам программ. Программа чем-то напоминает упрощенный векторный редактор. Вам предлагается несколько готовых элементов, которые вы просто перетаскиваете мышкой на рабочую область. Можно изменять размер элементов, делать подписи.
Для быстрого создания простых макетов Mockup подойдет идельно. Готовые макеты можно экспортировать в форматы PNG и SVG. Можно сохранить файл, чтобы потом его можно было открыть и продолжить редактирование.

Данный продукт во многом является аналогом (а местами и гораздо более функционален) коммерческого пакета Vector NTI, однако отличается кроссплатформенностью, поддержкой возможностей современного железа (многопоточность, CUDA) и возможностью самому писать плагины либо мышекликабельно создавать вычислительные цепочки из плагинов уже существующих.

Основные возможности:
- Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3 и MUSCLE 4;
- Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
- Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
- Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
- Филогенетический анализ с помощью Phylip;
- Поиск сайтов рестрикции;
- Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
- Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
- Поиск открытых рамок считывания;
- Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана

KAlgebra является алгебраической графический калькулятор с поддержкой 3D-графики и MathML языка разметки

Chemtool - 2D-редактор для рисования химических соединений под X11 (используется GTK+). Он поддерживает много стилей соединения, большую часть видов отображения текста, используемых в химии и сплайновые/дуговые/кривые стрелки.
Рисунки можно экспортировать в форматы MOL и PDB, для дальнейшего описания - в SVG или XFig, в виде рисунков PiCTeX, в растровые или Postscript файлы (для некоторых операций используется программа из XFig -- transfig).
Также пакет содержит вспомогательную программу, cht, для вычисления формул и (точного) молекулярного веса нарисованного элемента файла chemtool. Cht может вызываться прямо из Chemtool или из консоли.

Educational software designed to make learning programming easy and fun.

Greenfoot is an integrated development environment using Java or Stride designed primarily for educational purposes at the high school and undergraduate level. This makes it easy to develop 2D graphics applications such as simulations and interactive games.

Viking создан быть простым в использовании, но достаточно мощным для решения широкого спектра задач связанных с GPS. Он использует иерархическую систему слоев для организации данных GPS, карт и других типов слоев с пространственными данными, такими как координатные линии.

Colobot (Colonize with Bots) is a game aimed at teaching programming through fun. You play the role of an astronaut traveling with robot assistants in search of a planet to colonize.
The game features real-time 3D graphics and the C++ and Java-like object-oriented language CBOT, which can be used to program the robots available in the game.

Kig это приложение для интерактивного геометрическую конструкцию, что позволяет студентам рисовать и изучать математические фигуры и концепции с помощью компьютера.
Kig поддерживает макросы и скрипты использованием Python. Она может импортировать и экспортировать файлы в различных форматах, включая SVG, Кабри, доктор Geo, KGeo, KSeg и XFig

Компьютерная программа, предназначенная для визуализации молекул и используемая преимущественно для изучения и получения изображений пространственных структур биологических макромолекул, в первую очередь белков и нуклеиновых кислот.
Начиная с версий серии 2.7, RasMol распространяется по двойной лицензии (GPL или RASLIC). Тем самым, RasMol (наряду с Jmol и PyMOL) — одна из немногих программ визуализации молекул с открытым кодом.
RasMol остаётся лучшей из учебных программ визуализации молекул; кроме того, несмотря на наличие более сложных аналогов, продолжает активно использоваться молекулярными биологами и биоинформатиками. Благодаря простой и логичной структуре пользовательского интерфейса, программа проста для освоения. Система команд ("язык" RasMol'а) используется в других программах, например, в Jmol.
Исходными данными для визуализации служат координаты атомов молекулы (или комплекса молекул), содержащиеся в файле формата Protein Data Bank (PDB). Файлы с координатами атомов могут быть скопированы с одного из сайтов PDB