Интегрированная среда разработки для языка Python. В него включен графический отладчик, поддерживающий интерактивное исследование во время приостановления и авто-остановке на критических исключениях.
Основные возможности:
- Менеджер проектов;
- Редактор с подсветкой синтаксиса;
- Дебаггер, профайлер;
- Запуск питоновского кода с поддержкой параметров командной строки;
- Юнит-тестирование;
- Консоль для вывода и менеджер задач (самовозобновляемый TODO-лист).

молекулярное проектирование и система моделирования направленные на молекулы и биомолекулы. Он может показать такие свойства как молекулярные орбитали или электростатические потенциалы и возможности интуитивного молекулярного строителя.
Особенности:
✔Молекулярный модельер с автоматическим силового поля на основе оптимизации геометрии
✔Молекулярной механики в том числе ограничения и конформера поиск
✔Визуализация молекулярных орбиталей и общих изоповерхностей
✔Визуализация колебаний и построение колебательных спектрах
✔Поддержка кристаллографических ячеек
✔Введите поколения Gaussian, GAMESS и MOLPRO пакетов квантовой химии
✔Гибкая архитектура плагинов и сценариев Python
Avogadro поддерживает форматы файлов PDB, XYZ, CIF, Molden, а также Gaussian, GAMESS и созданные MOLPRO.

содержит гораздо больше информации о периодической системе Менделеева, чем любой студент университета когда-либо хотел бы узнать. Приложение также решает химические уравнения, показывает изображения элементов и содержит полезный словарь терминов

Библиотека регрессии, эконометрических и временных рядов GNU (gretl) — это пакет программного обеспечения для эконометрического анализа.

Пакет включает в себя общую библиотеку, клиентскую программу командной строки и графический клиент.

Quanta Plus поддерживает HTML, XHTML, CSS, XML, PHP и другие XML-Based и скриптовые языки с функцииями набора и редактирования html-кода: автоматический ввод основных тегов и их атрибутов, подсветку синтаксиса, предварительный просмотр Web-страницы и т.д. Очень развитые средства обработки текстов: поиск и замена (в том числе с использованием регулярных выражений), проверка орфографии.
Программа также имеет средства управления проектами и WYSIWYG-редактор, позволяющий выполнять html-разметку методами, привычными по работе с текстовыми процессорами.
Quanta Plus также допускает приемы работы с языком разметки XML и таблицами стилей, сценариями PHP.
А также имеет встроенный предпросмотр, отладчик для PHP и поддерживает CVS и Subversion.

ParaView — программа для параллельной интерактивной научной визуализации, имеет клиент-серверную архитектуру для облегчения удалённой визуализации баз данных и генерирования моделей уровней детализации (level of detail — LOD). Стоит отметить, что данная программа основана на библиотеке VTK (Visualization Toolkit), которая предоставляет визуализационные сервисы для различных видов параллельной обработки данных, поэтому ParaView может быть запущена на кластерах и компьютерах с общей или распределённой памятью.

Vym (View Your Mind) это программа для создания диаграмм связей. Она полезна для организации мыслей и работы по структурированию чего-либо.
Диаграмма связи (интеллект-карта, mindmap) — это цветная радиальная диаграмма с изображением в центре, иллюстрирующая семантические и другие связи межу частями научного материала.
К примеру, она может графически иллюстрировать структуру плана диссертации, план проекта или структуру государственных институтов области.
Диаграммы связи имеют множество приложений в личных, семейных, образовательных и коммерческих ситуациях.
Возможности включают в себя конспектирование, мозговой штурм, подвод итогов, пересмотр и общее уточнение мыслей.

Chemtool - 2D-редактор для рисования химических соединений под X11 (используется GTK+). Он поддерживает много стилей соединения, большую часть видов отображения текста, используемых в химии и сплайновые/дуговые/кривые стрелки.
Рисунки можно экспортировать в форматы MOL и PDB, для дальнейшего описания - в SVG или XFig, в виде рисунков PiCTeX, в растровые или Postscript файлы (для некоторых операций используется программа из XFig -- transfig).
Также пакет содержит вспомогательную программу, cht, для вычисления формул и (точного) молекулярного веса нарисованного элемента файла chemtool. Cht может вызываться прямо из Chemtool или из консоли.

Компьютерная программа, предназначенная для визуализации молекул и используемая преимущественно для изучения и получения изображений пространственных структур биологических макромолекул, в первую очередь белков и нуклеиновых кислот.
Начиная с версий серии 2.7, RasMol распространяется по двойной лицензии (GPL или RASLIC). Тем самым, RasMol (наряду с Jmol и PyMOL) — одна из немногих программ визуализации молекул с открытым кодом.
RasMol остаётся лучшей из учебных программ визуализации молекул; кроме того, несмотря на наличие более сложных аналогов, продолжает активно использоваться молекулярными биологами и биоинформатиками. Благодаря простой и логичной структуре пользовательского интерфейса, программа проста для освоения. Система команд ("язык" RasMol'а) используется в других программах, например, в Jmol.
Исходными данными для визуализации служат координаты атомов молекулы (или комплекса молекул), содержащиеся в файле формата Protein Data Bank (PDB). Файлы с координатами атомов могут быть скопированы с одного из сайтов PDB

Графический интерфейс к вычислительным химическим пакетам Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, PCGamess и Q-Chem. Он включает трехмерный редактор молекул и вьювер