KDevelop — свободная интегрированная среда разработки (IDE). Имеется навигация по исходному коду и отладка для проектов на разных языках программирования, работа с разными системами сборки и контроля версий, и всё это реализовано на модульной основе.

KDevelop может анализировать код на C, C++ и Javascript/QML, также имеются внешние модули для PHP и Python.

программа для визуализации и работы с многомерными поверхностями, определяемыми математическими уравнениями. Так же может применяться как редактор моделей для POV-Ray в области параметрических поверхностей

Oregano - представляет собой приложение для схематического захвата и моделирования электронных схем.
Он может открывать и редактировать схемы, которые созданы с использованием Gnucap, NG-Spice или Berkeley spice

QtiPlot - программное обеспечение для анализа и визуализации научных данных.
QtiPlot по функциональности похож на Origin и SigmaPlot, и используется для их замены в институтах. QtiPlot может использоваться для создания 2D и 3D графиков и содержит большое количество функций для анализа данных, таких как аппроксимация кривых и т.п.
При построении 3D-графиков рендеринг может производиться с использованием OpenGL при помощи библиотеки Qwt3D

KBasic - среда разработки для языка Basic, аналогичная Visual Basic.
KBasic является мощной, но в тоже время интуитивной и простой в использовании средой для программирования на языке Basic.
Среда понимает диалекты BASIC такие как VB.NET(R), Visual Basic(R), Visual Basic for Application(R) и Java(R) и имеет 100% обратную совместимость с VB6, VBA и QBasic(R).
Кроме того, имеет поддержку синтаксиса, функций и подобных объектов и классов VB.NET(R).

Griffon IDE - это интегрированная среда (IDE) для HTML, Bash, Perl, PHP, C и т.д.

Позволяет генерировать исходный код в несколько кликов, избегая ловушек. Имеет автодополнения, встроенный терминал, управление проектом на C, автоматическую замену текста.

Quanta Plus поддерживает HTML, XHTML, CSS, XML, PHP и другие XML-Based и скриптовые языки с функцииями набора и редактирования html-кода: автоматический ввод основных тегов и их атрибутов, подсветку синтаксиса, предварительный просмотр Web-страницы и т.д. Очень развитые средства обработки текстов: поиск и замена (в том числе с использованием регулярных выражений), проверка орфографии.
Программа также имеет средства управления проектами и WYSIWYG-редактор, позволяющий выполнять html-разметку методами, привычными по работе с текстовыми процессорами.
Quanta Plus также допускает приемы работы с языком разметки XML и таблицами стилей, сценариями PHP.
А также имеет встроенный предпросмотр, отладчик для PHP и поддерживает CVS и Subversion.

Пакет прикладных математических программ, предоставляющий мощное открытое окружение для инженерных (технических) и научных расчётов.
Scilab содержит сотни математических функций, и есть возможность добавления новых, написанных на различных языках (C, C++, Fortran …). Так же имеются разнообразные структуры данных (списки, полиномы, рациональные функции, линейные системы), интерпретатор и язык высокого уровня.
Scilab был спроектирован как открытая система, и пользователи могут добавлять в него свои типы данных и операции путём перегрузки.

В системе доступно множество инструментов:

VisualFBEditor - это IDE для FreeBasic с визуальным дизайнером, отладчиком, поддержкой проектов и т.д.
Позволяет вести разработку как консольных так и графических приложений для разных платформ Linux, Windows, Android.

Данный продукт во многом является аналогом (а местами и гораздо более функционален) коммерческого пакета Vector NTI, однако отличается кроссплатформенностью, поддержкой возможностей современного железа (многопоточность, CUDA) и возможностью самому писать плагины либо мышекликабельно создавать вычислительные цепочки из плагинов уже существующих.

Основные возможности:
- Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3 и MUSCLE 4;
- Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
- Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
- Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
- Филогенетический анализ с помощью Phylip;
- Поиск сайтов рестрикции;
- Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
- Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
- Поиск открытых рамок считывания;
- Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана