молекулярное проектирование и система моделирования направленные на молекулы и биомолекулы. Он может показать такие свойства как молекулярные орбитали или электростатические потенциалы и возможности интуитивного молекулярного строителя.
Особенности:
✔Молекулярный модельер с автоматическим силового поля на основе оптимизации геометрии
✔Молекулярной механики в том числе ограничения и конформера поиск
✔Визуализация молекулярных орбиталей и общих изоповерхностей
✔Визуализация колебаний и построение колебательных спектрах
✔Поддержка кристаллографических ячеек
✔Введите поколения Gaussian, GAMESS и MOLPRO пакетов квантовой химии
✔Гибкая архитектура плагинов и сценариев Python
Avogadro поддерживает форматы файлов PDB, XYZ, CIF, Molden, а также Gaussian, GAMESS и созданные MOLPRO.
Continue Reading
Некоторые из ожидаемых возможностей:
Рисование (поузловое рисование; шаблоны для распространённых колец; расширение общих групп; рисование радикалов, зарядов, стрелок; поддержка цвета ...)
Редактирование (неограниченные возможности отмены и повтора; выравнивание; масштабирование; вращение (2D и 3D) ...)
Экспорт и импорт (полностью поддерживается экспорт в форматы SVG, OpenOffice.Org-Draw, EPS; базовая поддержка импорта и экспорта CML1 и CML2)
Continue Reading
Chemtool - 2D-редактор для рисования химических соединений под X11 (используется GTK+). Он поддерживает много стилей соединения, большую часть видов отображения текста, используемых в химии и сплайновые/дуговые/кривые стрелки.
Рисунки можно экспортировать в форматы MOL и PDB, для дальнейшего описания - в SVG или XFig, в виде рисунков PiCTeX, в растровые или Postscript файлы (для некоторых операций используется программа из XFig -- transfig).
Также пакет содержит вспомогательную программу, cht, для вычисления формул и (точного) молекулярного веса нарисованного элемента файла chemtool. Cht может вызываться прямо из Chemtool или из консоли.
Continue Reading
Графический интерфейс к вычислительным химическим пакетам Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, PCGamess и Q-Chem. Он включает трехмерный редактор молекул и вьювер
Continue Reading
является периодическая таблица зрителя, который содержит подробную информацию о химических элементов.
Эта таблица показывает, которая позволяет элементами должен быть окрашен тематически несколькими свойствами, сортировки и просмотра списка элемента диалогового окна свойств, отображая различную информацию, в том числе исторические, термодинамические, электрохимических и кристаллографических свойств
Continue Reading
Маленькая программа, основанная на X/GTK+, позволяет просматривать периодическую таблицу химических элементов и некоторую, более детальную, информацию о каждом элементе. На данный момент доступно 118 элементов
Continue Reading
содержит гораздо больше информации о периодической системе Менделеева, чем любой студент университета когда-либо хотел бы узнать. Приложение также решает химические уравнения, показывает изображения элементов и содержит полезный словарь терминов
Continue Reading
pymol
This is a fully ready-to-use molecular visualization (molecular imaging) system for use in structural biology.
It allows to create high-quality three-dimensional images of both small molecules and biological macromolecules, primarily proteins.
About a quarter of all published images of protein structures in the scientific literature are made with PyMOL.
Continue Reading
Компьютерная программа, предназначенная для визуализации молекул и используемая преимущественно для изучения и получения изображений пространственных структур биологических макромолекул, в первую очередь белков и нуклеиновых кислот.
Начиная с версий серии 2.7, RasMol распространяется по двойной лицензии (GPL или RASLIC). Тем самым, RasMol (наряду с Jmol и PyMOL) — одна из немногих программ визуализации молекул с открытым кодом.
RasMol остаётся лучшей из учебных программ визуализации молекул; кроме того, несмотря на наличие более сложных аналогов, продолжает активно использоваться молекулярными биологами и биоинформатиками. Благодаря простой и логичной структуре пользовательского интерфейса, программа проста для освоения. Система команд ("язык" RasMol'а) используется в других программах, например, в Jmol.
Исходными данными для визуализации служат координаты атомов молекулы (или комплекса молекул), содержащиеся в файле формата Protein Data Bank (PDB). Файлы с координатами атомов могут быть скопированы с одного из сайтов PDB
Continue Reading
Данный продукт во многом является аналогом (а местами и гораздо более функционален) коммерческого пакета Vector NTI, однако отличается кроссплатформенностью, поддержкой возможностей современного железа (многопоточность, CUDA) и возможностью самому писать плагины либо мышекликабельно создавать вычислительные цепочки из плагинов уже существующих.
Основные возможности:
- Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3 и MUSCLE 4;
- Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
- Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
- Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
- Филогенетический анализ с помощью Phylip;
- Поиск сайтов рестрикции;
- Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
- Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
- Поиск открытых рамок считывания;
- Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана
Continue Reading
