Octave - язык высокого уровня предназначенный для выполнения вычислений численными методами и математических вычислений.
Он представляет собой удобный командный интерфейс для решения линейных и нелинейных математических задач, а также проведения других арифметических экспериментов, используя язык, в большинстве случаев совместимый с Matlab

Данный продукт во многом является аналогом (а местами и гораздо более функционален) коммерческого пакета Vector NTI, однако отличается кроссплатформенностью, поддержкой возможностей современного железа (многопоточность, CUDA) и возможностью самому писать плагины либо мышекликабельно создавать вычислительные цепочки из плагинов уже существующих.

Основные возможности:
- Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3 и MUSCLE 4;
- Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
- Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
- Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
- Филогенетический анализ с помощью Phylip;
- Поиск сайтов рестрикции;
- Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
- Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
- Поиск открытых рамок считывания;
- Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана

Lazarus is an integrated cross-platform software development environment in a Delphi-like environment in the Object Pascal language for the Free Pascal Compiler (often abbreviated FPC).
It is currently the only Rapid Application Development (RAD) tool that allows Delphi programmers to create GUI applications for Linux (and other non-Windows) systems.
Allows you to easily transfer Delphi programs with a graphical interface to various operating systems: Linux, FreeBSD, Mac OS X, Microsoft Windows, Android.

Программа для создания двумерных рисунков молекул. Она похожа по функциональности на другие графические программы, например, ChemDraw.
Она может читать и писать разные форматы текстовых и бинарных файлов, чтобы позволяет обмениваться информацией между XDrawChem и другими программными приложениями, а также может создавать изображения в популярных графических форматах, таких как PNG и EPS

Система контроля версий Subvervion, она же SVN, чрезвычайно удобна для небольшой группы, особенно если серьёзных требований по веткам и их слиянию не предъявляется. И хотя в консоли Subversion пользоваться удобно и просто, иногда бывает удобнее просмотреть графически историю версий или быстро вытащить нужный файл определённой ревизии

GRASS (Geographic Resources Analysis Support System) - это геоинформационная система (GIS), используемая для обработки и анализа геопространственных данных, обработки изображений, создания графики и карт, пространственного моделирования и визуализации. В настоящее время GRASS применяется в академической и коммерческой деятельности, используется многими правительственными агентствами и экологическими консалтинговыми компаниями.

BRL-CAD is a powerful cross-platform Open Source combinatorial Constructive Solid Geometry (CSG) solid modeling system that includes interactive 3D solid geometry editing, high-performance ray-tracing support for rendering and geometric analysis, network-distributed framebuffer support, image and signal-processing tools, path-tracing and photon mapping support for realistic image synthesis, a system performance analysis benchmark suite, an embedded scripting interface, and libraries for robust high-performance geometric representation and analysis.

Это обучающая программа по геометрии. Она позволяет создавать фигуры и интерактивно управлять этими фигурами в соответствии с их геометрическими характеристиками.
Dr. Geo поставляется с набором инструментов, организованным по категориям:
✔точки
✔линии
✔геометрические преобразования
✔числовые функции
✔макро-конструкции
✔объект DGS (Dr. Geo Guile Script)
✔DSF (Dr Geo Scheme Figure) — интерактивная фигура, заданная в файле и вычисляемая встроенным интерпретатором Scheme
✔экспорт в форматы LaTeX и EPS

игра, обучающая машинописи. В главной роли — Тукс, пингвин, являющийся символом Linux. Игрок помогает Туксу есть рыбу, падающую из верхней части экрана. На каждой рыбе написана буква. Когда игрок нажимает соответствующую клавишу, Тукс перемещается, чтобы съесть рыбу. Игра рассчитана на детей, обучающихся использованию клавиатуры, однако она содержит сложные уровни, которые будут трудны даже для опытных пользователей

TkGate - это управляемая событиями программа моделирования электронных схем с графическим редактором. Поддерживает широкий диапазон простейших электронных компонентов а также определенные пользователем модули для многоуровневой разработки. В поставку программы включены несколько учебников, которые могут быть загружены через меню Help и примеры схем, включая простейший процессор, запрограммированный для запуска игры Animals.

Возможности: