KTurtle is an educational programming environment that uses the TurtleScript programming language (inspired by the logo) to make programming as easy and accessible as possible.
The user issues TurtleScript language commands to control the "turtle" as it draws on the canvas, making KTurtle suitable for teaching basic math, geometry, and programming

Vym (View Your Mind) is a mind diagramming program. It is useful for organizing thoughts and working on structuring something.
A connection diagram (mind map, mindmap) is a color radial diagram with an image in the center, illustrating semantic and other connections between parts of scientific material.
For example, it can graphically illustrate the structure of a dissertation plan, a project plan, or the structure of government institutions in an area.
Communication diagrams have many applications in personal, family, educational, and business situations.
Opportunities include note-taking, brainstorming, summarizing, revising, and general clarification of thoughts.

Данный продукт во многом является аналогом (а местами и гораздо более функционален) коммерческого пакета Vector NTI, однако отличается кроссплатформенностью, поддержкой возможностей современного железа (многопоточность, CUDA) и возможностью самому писать плагины либо мышекликабельно создавать вычислительные цепочки из плагинов уже существующих.

Основные возможности:
- Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3 и MUSCLE 4;
- Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
- Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
- Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
- Филогенетический анализ с помощью Phylip;
- Поиск сайтов рестрикции;
- Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
- Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
- Поиск открытых рамок считывания;
- Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана

Эта программа представляет собой реализацию оригинальных счетов, она предоставляет китайскую, японскую, корейскую, римскую и русскую версии и может быть изменена для использования другими.

Anjuta - это гибкая интегрированная среда разработки (Integrated Development Environment - IDE) для языков C и C++, которая включает ряд мощных средств для программирования. Среди них - средства управления проектом, мастера приложений, встроенный интерактивный отладчик, мощный редактор исходного кода со средствами просмотра и подсветкой синтаксиса.

VisualFBEditor is an IDE for FreeBasic with a visual designer, debugger, project support, etc.
Allows the development of both console and graphical applications for different platforms Linux, Windows, Android.

Quantum GIS (QGIS) является географической информационной системой (ГИС) с дружественным интерфейсом и открытым исходным кодом. QGIS распространяется на условиях лицензии GNU General Public License и работает в Linux, Unix, Mac OSX и Windows.
QGIS поддерживает векторные и растровые форматы (в том числе широко распространенные ESRI Shapefile и GeoTIFF), а также пространственные базы данных. Для QGIS существует множество всевозможных плагинов, управление которыми осуществляется при помощи Менеджера плагинов

Программа для запоминания иностранных слов.

Список её преимуществ перед аналогами:
- Широкие возможности по настройке вида карточек;
- Поддержка мультимедиа;
- Большое количество плагинов;
- Настройка алгоритма обучения;
- Подробная статистика;
- Поддержка большинства современных платформ (Linux, Windows, Mac, iPhone, Android и др.);
- Синхронизация данных

GeoGebra — свободно-распространяемая (GPL) динамическая геометрическая среда, которая даёт возможность создавать чертежи в планиметрии, в частности, для построений с помощью циркуля и линейки.
Кроме того, у программы богатые возможности работы с функциями (построение графиков, вычисление корней, экстремумов, интегралов и т.д.) за счёт команд встроенного языка (который, кстати, позволяет управлять и геометрическими построениями).
Программа написана Маркусом Хохенвартером на языке Java (соответственно кроссплатформенная, то есть работает на большом числе операционных систем, где есть виртуальная машина java). Переведена на 39 языков. Полностью поддерживает русский язык

FlameRobin is a GUI tool for administering the Firebird database management system
Her goals:
- undemanding to resources (low memory consumption, fast operation)
- cross-platform (Linux, Windows for starters, support for other systems is planned)
- dependence only on other free software