GCompris is a large collection of educational games and exercises for children from 2 to 10 years old. Some of the exercises are presented in a playful way, but they are also educational.

GCompris currently contains over 100 exercises. Here is a list of activity categories with some examples:

Educational software designed to make learning programming easy and fun.

Greenfoot is an integrated development environment using Java or Stride designed primarily for educational purposes at the high school and undergraduate level. This makes it easy to develop 2D graphics applications such as simulations and interactive games.

GeoGebra — свободно-распространяемая (GPL) динамическая геометрическая среда, которая даёт возможность создавать чертежи в планиметрии, в частности, для построений с помощью циркуля и линейки.
Кроме того, у программы богатые возможности работы с функциями (построение графиков, вычисление корней, экстремумов, интегралов и т.д.) за счёт команд встроенного языка (который, кстати, позволяет управлять и геометрическими построениями).
Программа написана Маркусом Хохенвартером на языке Java (соответственно кроссплатформенная, то есть работает на большом числе операционных систем, где есть виртуальная машина java). Переведена на 39 языков. Полностью поддерживает русский язык

MathMod позволяет строить трехмерные математические поверхности, описываемые неявными или параметрическими уравнениями, и предлагает очень большую базу данных образцов моделей, которые можно сгенерировать с его помощью.
Он визуализирует и анимирует неявные и параметрические поверхности.
MathMod поддерживает:
✔ 3D и 4D черчение и анимацию
✔ текстуры и пигментацию
✔ эффекты шума и турбулентности
Имеет большой набор скриптовых примеров. Формат выходного файла OBJ.

Integrated development environment for the Python language. It includes a graphical debugger that supports interactive exploration while suspended and auto-stopping on critical exceptions.
Main features:
- Project Manager;
- Editor with syntax highlighting;
- Debugger, profiler;
- Run Python code with support for command line parameters;
- Unit testing;
- Console for output and task manager (self-renewing TODO sheet).

Графическая среда для визуализации массивов данных на основе библиотеки MathGL, позволяет легко просматривать, манипулировать и строить наборы данных и формул.
А также:
✔широкий спектр графических эффектов с простым языком сценариев MGL;
✔поворот, масштабирование и GIF-анимация;
✔поддержка сглаживания освещения, прозрачности, произвольных криволинейных координат, TeX-символов и формул;
✔таблицы для редактирования данных с поддержкой 3-мерных массивов;
✔набор для обработки данных (сглаживание, изменение размеров, кадрирование и др.);
✔экспорт в растровые и векторные форматы (PNG, JPEG, EPS или SVG)

KTuberling - художественная игра для маленьких детей, которая включает несколько задач. нарисовать для картофеля смешное лицо, одежду, другие доспехи, построить маленькое место, создать в нем школу, зоопарк, пожарную охрану, создать фантастический ландшафт на Луне с космическим кораблем и инопланетянами.
KTuberling называет каждый предмет на нескольких языках, что помогает улучшить словарный запас

Java-приложение, которое управляет вашей карточки на знаменитую систему Лейтнер и делает запоминание фактов не только более эффективными, но и веселее.
Он управляет всей вашей успехи в учебе и особенностей категорий, статистических данных и визуально привлекательным и интуитивно понятный интерфейс

игра, обучающая машинописи. В главной роли — Тукс, пингвин, являющийся символом Linux. Игрок помогает Туксу есть рыбу, падающую из верхней части экрана. На каждой рыбе написана буква. Когда игрок нажимает соответствующую клавишу, Тукс перемещается, чтобы съесть рыбу. Игра рассчитана на детей, обучающихся использованию клавиатуры, однако она содержит сложные уровни, которые будут трудны даже для опытных пользователей

Данный продукт во многом является аналогом (а местами и гораздо более функционален) коммерческого пакета Vector NTI, однако отличается кроссплатформенностью, поддержкой возможностей современного железа (многопоточность, CUDA) и возможностью самому писать плагины либо мышекликабельно создавать вычислительные цепочки из плагинов уже существующих.

Основные возможности:
- Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3 и MUSCLE 4;
- Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
- Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
- Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
- Филогенетический анализ с помощью Phylip;
- Поиск сайтов рестрикции;
- Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
- Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
- Поиск открытых рамок считывания;
- Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана