This is a fully ready-to-use molecular visualization (molecular imaging) system for use in structural biology.
It allows to create high-quality three-dimensional images of both small molecules and biological macromolecules, primarily proteins.
About a quarter of all published images of protein structures in the scientific literature are made with PyMOL.

Vym (View Your Mind) is a mind diagramming program. It is useful for organizing thoughts and working on structuring something.
A connection diagram (mind map, mindmap) is a color radial diagram with an image in the center, illustrating semantic and other connections between parts of scientific material.
For example, it can graphically illustrate the structure of a dissertation plan, a project plan, or the structure of government institutions in an area.
Communication diagrams have many applications in personal, family, educational, and business situations.
Opportunities include note-taking, brainstorming, summarizing, revising, and general clarification of thoughts.

Veusz is a 2D and 3D scientific plotting and graphing package, designed to produce publication-ready PDF, SVG, Postscript and bitmap output.
Veusz provides a GUI, command line and scripting interface (based on Python) to its plotting facilities.
The plots are built using an object-based system to provide a consistent interface.

KGeography — программа, помогающая изучать географию. Вы можете использовать её, чтобы исследовать карту, просматривать различную информацию о регионах мира и устраивать викторины для проверки вашего знания географии.

LibreCad - CAD for 2D drawing and design. Allows you to solve 2D design problems, such as preparing engineering and construction drawings, such as building plans, interior plans, machine parts or diagrams and diagrams.

VariCAD - это 3D/2D САПР. Имеет много инструментов для 3D-моделирования и 2D-черчения.
VariCAD обеспечивает поддержание параметров и геометрических ограничений, инструменты для корпусов, трубопроводов, расчеты, спецификации и многое другое. Вы можете выдавливать и вращать 2D геометрию, чтобы получить трехмерные тела. В дополнение к стандартным булевым операциям объединение и вычитания, вы получаете инструмент вырезания и сохранения, сохранения детали, вырезка сохраненной детали и инструмента, и добавление вырезанной части. Когда твердые тела построены, они могут быть проанализированы различными способами, от расстояния между объектами до центров масс и моментов инерции.
Varicad может импортировать и экспортировать как DXF так и IGES.

BRL-CAD is a powerful cross-platform Open Source combinatorial Constructive Solid Geometry (CSG) solid modeling system that includes interactive 3D solid geometry editing, high-performance ray-tracing support for rendering and geometric analysis, network-distributed framebuffer support, image and signal-processing tools, path-tracing and photon mapping support for realistic image synthesis, a system performance analysis benchmark suite, an embedded scripting interface, and libraries for robust high-performance geometric representation and analysis.

Система контроля версий Subvervion, она же SVN, чрезвычайно удобна для небольшой группы, особенно если серьёзных требований по веткам и их слиянию не предъявляется. И хотя в консоли Subversion пользоваться удобно и просто, иногда бывает удобнее просмотреть графически историю версий или быстро вытащить нужный файл определённой ревизии

MathMod позволяет строить трехмерные математические поверхности, описываемые неявными или параметрическими уравнениями, и предлагает очень большую базу данных образцов моделей, которые можно сгенерировать с его помощью.
Он визуализирует и анимирует неявные и параметрические поверхности.
MathMod поддерживает:
✔ 3D и 4D черчение и анимацию
✔ текстуры и пигментацию
✔ эффекты шума и турбулентности
Имеет большой набор скриптовых примеров. Формат выходного файла OBJ.

Quantum GIS (QGIS) является географической информационной системой (ГИС) с дружественным интерфейсом и открытым исходным кодом. QGIS распространяется на условиях лицензии GNU General Public License и работает в Linux, Unix, Mac OSX и Windows.
QGIS поддерживает векторные и растровые форматы (в том числе широко распространенные ESRI Shapefile и GeoTIFF), а также пространственные базы данных. Для QGIS существует множество всевозможных плагинов, управление которыми осуществляется при помощи Менеджера плагинов