Есть возможность создать свою физическую модель, приложить различные силы и запульнуть какой-нибудь кубик далеко и надолго

Vym (View Your Mind) is a mind diagramming program. It is useful for organizing thoughts and working on structuring something.
A connection diagram (mind map, mindmap) is a color radial diagram with an image in the center, illustrating semantic and other connections between parts of scientific material.
For example, it can graphically illustrate the structure of a dissertation plan, a project plan, or the structure of government institutions in an area.
Communication diagrams have many applications in personal, family, educational, and business situations.
Opportunities include note-taking, brainstorming, summarizing, revising, and general clarification of thoughts.

САПР немецких разработчиков, активно развивается, возможно бесплатное использование без ограничений.

gCAD3D может:
- импорт и экспорт-программ (STEP, IGES, VRML, DXF, SVG ..)
- интегрированный 3D-OpenGL зрителя,
- Программа переводчик для геометрии и NC команды в 3D,
- интегрированных НК процессора.
- интерфейс программирования для userprograms (плагинов)

Некоторые из ожидаемых возможностей:
Рисование (поузловое рисование; шаблоны для распространённых колец; расширение общих групп; рисование радикалов, зарядов, стрелок; поддержка цвета ...)
Редактирование (неограниченные возможности отмены и повтора; выравнивание; масштабирование; вращение (2D и 3D) ...)
Экспорт и импорт (полностью поддерживается экспорт в форматы SVG, OpenOffice.Org-Draw, EPS; базовая поддержка импорта и экспорта CML1 и CML2)

В дополнение к созданию собственных карточек это приложение использует сложный алгоритм определения, какая карточка должна появляться вслед за показываемой, чтобы сделать обучение более эффективным (иными словами, чаще всего будут появляться карточки, в которых вы делаете ошибки). Если вы будете использовать это приложение, вы также сможете загрузить ваши данные на сервер исследовательского проекта, изучающего память

Oregano - представляет собой приложение для схематического захвата и моделирования электронных схем.
Он может открывать и редактировать схемы, которые созданы с использованием Gnucap, NG-Spice или Berkeley spice

iTest это приложение, которое позволяет вам воспользоваться преимуществами компьютеризированного экзамена.
iTest состоит из двух программ:
- iTestServer - вопрос / ответ редактора базы данных и сервера экзамен
- iTestClient - тестовый клиент используется студентами, подключается к серверу
iTest позволяет легко создать базу данных вопросов и ответов и провести тестирование.

Veusz is a 2D and 3D scientific plotting and graphing package, designed to produce publication-ready PDF, SVG, Postscript and bitmap output.
Veusz provides a GUI, command line and scripting interface (based on Python) to its plotting facilities.
The plots are built using an object-based system to provide a consistent interface.

Chemtool - 2D-редактор для рисования химических соединений под X11 (используется GTK+). Он поддерживает много стилей соединения, большую часть видов отображения текста, используемых в химии и сплайновые/дуговые/кривые стрелки.
Рисунки можно экспортировать в форматы MOL и PDB, для дальнейшего описания - в SVG или XFig, в виде рисунков PiCTeX, в растровые или Postscript файлы (для некоторых операций используется программа из XFig -- transfig).
Также пакет содержит вспомогательную программу, cht, для вычисления формул и (точного) молекулярного веса нарисованного элемента файла chemtool. Cht может вызываться прямо из Chemtool или из консоли.

Eclipse — в первую очередь полноценная Java IDE, нацеленная на групповую разработку, снабжённая средствами для работы с системами контроля версий (поддержка CVS входит в поставку Eclipse, активно развиваются несколько вариантов SVN-модулей, существует поддержка VSS и других). В силу бесплатности и высокого качества во многих организациях Eclipse — корпоративный стандарт для разработки приложений.
Второе назначение Eclipse — служить платформой для разработки новых расширений (чем и завоевал популярность — любой разработчик может расширить Eclipse своими модулями). Таковыми стали C/C++ Development Tools (CDT), разрабатываемые инженерами QNX совместно с IBM, COBOL, FORTRAN, PHP средства от различных разработчиков. Множество расширений дополняет Eclipse менеджерами для работы с базами данных, серверами приложений и др.
С версии 3.0 Eclipse стал не монолитной поддерживающей расширения IDE, а набором расширений. В основе лежат фреймворк OSGi и SWT/JFace, на основе которых разработан следующий слой — платформа для разработки полноценных клиентских приложений RCP (Rich Client Platform). Платформа RCP служит основой для RCP-приложений, таких как Azureus и File Arranger. Следующий слой — платформа Eclipse, представляющая собой набор расширений RCP — редакторы, панели, перспективы, модуль CVS и модуль Java Development Tools (JDT)