Eclipse — в первую очередь полноценная Java IDE, нацеленная на групповую разработку, снабжённая средствами для работы с системами контроля версий (поддержка CVS входит в поставку Eclipse, активно развиваются несколько вариантов SVN-модулей, существует поддержка VSS и других). В силу бесплатности и высокого качества во многих организациях Eclipse — корпоративный стандарт для разработки приложений.
Второе назначение Eclipse — служить платформой для разработки новых расширений (чем и завоевал популярность — любой разработчик может расширить Eclipse своими модулями). Таковыми стали C/C++ Development Tools (CDT), разрабатываемые инженерами QNX совместно с IBM, COBOL, FORTRAN, PHP средства от различных разработчиков. Множество расширений дополняет Eclipse менеджерами для работы с базами данных, серверами приложений и др.
С версии 3.0 Eclipse стал не монолитной поддерживающей расширения IDE, а набором расширений. В основе лежат фреймворк OSGi и SWT/JFace, на основе которых разработан следующий слой — платформа для разработки полноценных клиентских приложений RCP (Rich Client Platform). Платформа RCP служит основой для RCP-приложений, таких как Azureus и File Arranger. Следующий слой — платформа Eclipse, представляющая собой набор расширений RCP — редакторы, панели, перспективы, модуль CVS и модуль Java Development Tools (JDT)

молекулярное проектирование и система моделирования направленные на молекулы и биомолекулы. Он может показать такие свойства как молекулярные орбитали или электростатические потенциалы и возможности интуитивного молекулярного строителя.
Особенности:
✔Молекулярный модельер с автоматическим силового поля на основе оптимизации геометрии
✔Молекулярной механики в том числе ограничения и конформера поиск
✔Визуализация молекулярных орбиталей и общих изоповерхностей
✔Визуализация колебаний и построение колебательных спектрах
✔Поддержка кристаллографических ячеек
✔Введите поколения Gaussian, GAMESS и MOLPRO пакетов квантовой химии
✔Гибкая архитектура плагинов и сценариев Python
Avogadro поддерживает форматы файлов PDB, XYZ, CIF, Molden, а также Gaussian, GAMESS и созданные MOLPRO.

KTouch - это обучающая программа для повышения скорости печати и сокращения ошибок. Она выдает для набора специальный текст и показывает, какой палец должен быть использован для каждой клавиши.
Возможности программы:
- Поддержка различных раскладок клавиатур.
- Возможность добавления новой раскладки.
- Редактирование упражнений.
- Детальная статистика по результатам выполняемых упражнений.
- Подсчёт скорости и качества(аккуратности) печати.
- Различные цветовые схемы интерфейса

Свободная среда разработки, предназначенная для создания приложений C#, Java, Boo, Nemerle, Visual Basic .NET, CIL, C и C++.
Изначально это был порт SharpDevelop на Mono/GTK+, но с того времени проект далеко ушел от своего начального состояния.
MonoDevelop является частью проекта Mono

Vym (View Your Mind) is a mind diagramming program. It is useful for organizing thoughts and working on structuring something.
A connection diagram (mind map, mindmap) is a color radial diagram with an image in the center, illustrating semantic and other connections between parts of scientific material.
For example, it can graphically illustrate the structure of a dissertation plan, a project plan, or the structure of government institutions in an area.
Communication diagrams have many applications in personal, family, educational, and business situations.
Opportunities include note-taking, brainstorming, summarizing, revising, and general clarification of thoughts.

Данный продукт во многом является аналогом (а местами и гораздо более функционален) коммерческого пакета Vector NTI, однако отличается кроссплатформенностью, поддержкой возможностей современного железа (многопоточность, CUDA) и возможностью самому писать плагины либо мышекликабельно создавать вычислительные цепочки из плагинов уже существующих.

Основные возможности:
- Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3 и MUSCLE 4;
- Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
- Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
- Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
- Филогенетический анализ с помощью Phylip;
- Поиск сайтов рестрикции;
- Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
- Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
- Поиск открытых рамок считывания;
- Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана

Система контроля версий Subvervion, она же SVN, чрезвычайно удобна для небольшой группы, особенно если серьёзных требований по веткам и их слиянию не предъявляется. И хотя в консоли Subversion пользоваться удобно и просто, иногда бывает удобнее просмотреть графически историю версий или быстро вытащить нужный файл определённой ревизии

Bluefish is a powerful editor designed for programmers and web developers. It has many options for creating websites, scripts and program code. Bluefish supports various programming languages, markup languages and has many features, including:
- Customizable code folding, auto indenting and completion
- Support for remote files operation over FTP, SFTP, HTTPS, WebDAV, etc.
- Site upload and download
- Powerful search and replace engine
- Snippets plugin to automate often used code
- Code-aware in-line spell checking
- Zencoding or Emmet support

В дополнение к созданию собственных карточек это приложение использует сложный алгоритм определения, какая карточка должна появляться вслед за показываемой, чтобы сделать обучение более эффективным (иными словами, чаще всего будут появляться карточки, в которых вы делаете ошибки). Если вы будете использовать это приложение, вы также сможете загрузить ваши данные на сервер исследовательского проекта, изучающего память

Eagle - комплексное средство для разработки печатных плат, начиная с создания принципиальной электрической схемы и заканчивая созданием печатной платы и её трассировкой.
Программа включает в себя графический редактор схем (Schematic Editor), редактор печатных плат (Layout Editor), весьма гибкий и удобный редактор библиотек (Library Editor) и автотрассировщик (Autorouter). В стандартный комплект поставки входят также модули, проверяющие правильность подключения электрических цепей (ERC – Electrical Rule Check) и правильность расположения компонентов на плате (DRC – Design Rule Check).