Данный продукт во многом является аналогом (а местами и гораздо более функционален) коммерческого пакета Vector NTI, однако отличается кроссплатформенностью, поддержкой возможностей современного железа (многопоточность, CUDA) и возможностью самому писать плагины либо мышекликабельно создавать вычислительные цепочки из плагинов уже существующих.

Основные возможности:
- Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3 и MUSCLE 4;
- Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
- Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
- Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
- Филогенетический анализ с помощью Phylip;
- Поиск сайтов рестрикции;
- Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
- Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
- Поиск открытых рамок считывания;
- Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана

Система компьютерной алгебры Maxima - имеет широчайший набор средств для проведения аналитических вычислений, численных вычислений и построения графиков.
По набору возможностей система близка к таким коммерческим системам как Maple и Mathematica.
Это единственная из существующих систем аналитических вычислений, которая может работать на всех основных современных операционных системах на компьютерах, начиная от самых мощных вплоть до наладонных компьютеров

KWordQuiz является общей программой флэш цели, обычно используемый для словаря обучения. KWordQuiz может открыть словарь данных в различных форматах, в том числе kvtml формат, используемый в KDE программ, таких как Парли, WQL формат, используемый WordQuiz для Windows, xml.gz формат, используемый Паукер, и CSV текст

Ri-li — аркада, в которой вы управляете игрушечным деревянным паровозиком и должны собрать все вагоны, не врезавшись в самого себя.
Поезд движется строго по рельсам, но на перекрестках вы переключаете стрелки, и поезд едет в нужную вам сторону. Как только на его пути оказывается вагончик, то он сразу прикрепляется в хвост поезда. По пути также могут попадаться бонусы (ускорение). Во время движения необходимо следить что бы паровоз не врезался в собственные вагоны, что по мере удлинения состава не очень простая задача.
Для победы в игре надо собрать (присоединить к своему хвосту) все вагончики. Игра имеет множество игровых уровней (различной степени сложности), красивое музыкальное сопровождение и множество звуковых эффектов. 

OpenWebStart is a modern replacement for the outdated Java Web Start technology and the JNLP (Java Network Launch Protocol) standard.

It provides the most commonly used features of Java Web Start and the JNLP standard, allowing you to continue to use and run Java applications that previously ran through Java Web Start without having to rewrite the code.

Features:

программа для визуализации и работы с многомерными поверхностями, определяемыми математическими уравнениями. Так же может применяться как редактор моделей для POV-Ray в области параметрических поверхностей

Parley выделяется из ряда подобных программ тем, что у неё есть огромное количество готовых карточек, которые можно скачать. Есть карточки, которые помогут вам выучить с дюжину разных языков, есть карточки, которые помогут запомнить важные даты, химические элементы, изучить анатомию, теорию музыки и др.

ParaView — программа для параллельной интерактивной научной визуализации, имеет клиент-серверную архитектуру для облегчения удалённой визуализации баз данных и генерирования моделей уровней детализации (level of detail — LOD). Стоит отметить, что данная программа основана на библиотеке VTK (Visualization Toolkit), которая предоставляет визуализационные сервисы для различных видов параллельной обработки данных, поэтому ParaView может быть запущена на кластерах и компьютерах с общей или распределённой памятью.

ZVVBingo это игра в стиле Лото, в которой открываются 2 бочонка с цифрами и игроку необходимо закрыть указанные цифры на своих двух карточках.
После чего открываются новые числа и так далее.

Побеждает тот, кто первый закроет горизонтальную или вертикальную или косую линию на любой из своих карточек.
Увлекательная игра для тренировки внимания.

QtiPlot - программное обеспечение для анализа и визуализации научных данных.
QtiPlot по функциональности похож на Origin и SigmaPlot, и используется для их замены в институтах. QtiPlot может использоваться для создания 2D и 3D графиков и содержит большое количество функций для анализа данных, таких как аппроксимация кривых и т.п.
При построении 3D-графиков рендеринг может производиться с использованием OpenGL при помощи библиотеки Qwt3D