This is a fully ready-to-use molecular visualization (molecular imaging) system for use in structural biology.
It allows to create high-quality three-dimensional images of both small molecules and biological macromolecules, primarily proteins.
About a quarter of all published images of protein structures in the scientific literature are made with PyMOL.

Octave - язык высокого уровня предназначенный для выполнения вычислений численными методами и математических вычислений.
Он представляет собой удобный командный интерфейс для решения линейных и нелинейных математических задач, а также проведения других арифметических экспериментов, используя язык, в большинстве случаев совместимый с Matlab

Code::Blocks is a cross-platform Integrated Development Environment (IDE). It is based on a self-developed plugin framework allowing unlimited extensibility. Most of its functionality is already provided by plugins. Plugins included in the base package are:
* Compiler frontend to many free compilers
* Debugger frontend for GDB
* Source formatter (based on AStyle)
* Wizard to create new C++ classes
* Code-completion / symbols-browser (work in progress)
* Default MIME handler
* Wizard to create new Code::Blocks plugins
* To-do list
* Extensible wizard based on scripts
* Autosave (saves your work in the unfortunate case of a crash)

Kig это приложение для интерактивного геометрическую конструкцию, что позволяет студентам рисовать и изучать математические фигуры и концепции с помощью компьютера.
Kig поддерживает макросы и скрипты использованием Python. Она может импортировать и экспортировать файлы в различных форматах, включая SVG, Кабри, доктор Geo, KGeo, KSeg и XFig

Thonny is a simple Python IDE with features useful for learning programming.

It comes with a debugger which is able to visualize all the conceptual steps taken to run a Python program (executing statements, evaluating expressions, maintaining the call stack). There is a GUI for installing 3rd party packages and special mode for learning about references.

Parley выделяется из ряда подобных программ тем, что у неё есть огромное количество готовых карточек, которые можно скачать. Есть карточки, которые помогут вам выучить с дюжину разных языков, есть карточки, которые помогут запомнить важные даты, химические элементы, изучить анатомию, теорию музыки и др.

KDE Education Project — пакет образовательных компьютерных программ. Он фокусирует своё внимание на разработке программ для детей в возрасте от 3 до 18 лет.
Кроме того в пакет входят программы для преподавателей, помогающие планировать уроки.

Программы затрагивают такие темы как:
Языки, Математика, Наука, Инструменты учителя и другие

Библиотека регрессии, эконометрических и временных рядов GNU (gretl) — это пакет программного обеспечения для эконометрического анализа.

Пакет включает в себя общую библиотеку, клиентскую программу командной строки и графический клиент.

Glade - RAD-утилита, предоставляющая возможность быстрой и легкой разработки пользовательских интерфейсов на основе библиотеки GTK+ и GTK+ 2
Пользовательские интерфейсы, сконструированные в Glade, сохраняются в широко распространённом формате XML, позволяющем легко взаимодействовать с внешними утилитами. Вам стоит обратить внимание на библиотеку libglade, которая может загружать XML-файлы и создавать интерфейсы во время работы программы.
Пакет включает модуль, позволяющий Glade создавать GNOME виджеты в использованием его палитры.

Данный продукт во многом является аналогом (а местами и гораздо более функционален) коммерческого пакета Vector NTI, однако отличается кроссплатформенностью, поддержкой возможностей современного железа (многопоточность, CUDA) и возможностью самому писать плагины либо мышекликабельно создавать вычислительные цепочки из плагинов уже существующих.

Основные возможности:
- Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3 и MUSCLE 4;
- Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
- Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
- Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
- Филогенетический анализ с помощью Phylip;
- Поиск сайтов рестрикции;
- Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
- Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
- Поиск открытых рамок считывания;
- Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана