BRL-CAD is a powerful cross-platform Open Source combinatorial Constructive Solid Geometry (CSG) solid modeling system that includes interactive 3D solid geometry editing, high-performance ray-tracing support for rendering and geometric analysis, network-distributed framebuffer support, image and signal-processing tools, path-tracing and photon mapping support for realistic image synthesis, a system performance analysis benchmark suite, an embedded scripting interface, and libraries for robust high-performance geometric representation and analysis.

САПР немецких разработчиков, активно развивается, возможно бесплатное использование без ограничений.

gCAD3D может:
- импорт и экспорт-программ (STEP, IGES, VRML, DXF, SVG ..)
- интегрированный 3D-OpenGL зрителя,
- Программа переводчик для геометрии и NC команды в 3D,
- интегрированных НК процессора.
- интерфейс программирования для userprograms (плагинов)

Данный продукт во многом является аналогом (а местами и гораздо более функционален) коммерческого пакета Vector NTI, однако отличается кроссплатформенностью, поддержкой возможностей современного железа (многопоточность, CUDA) и возможностью самому писать плагины либо мышекликабельно создавать вычислительные цепочки из плагинов уже существующих.

Основные возможности:
- Множественное выравнивание последовательностей на основе MUSCLE 3 и MUSCLE 4;
- Анализ с помощью скрытых марковских моделей, основанный на HMMER 2 и HMMER 3;
- Дизайн ПЦР-праймеров с помощью Primer 3;
- Предсказание вторичной структуры белков с помощью GOR IV и PSIPRED;
- Филогенетический анализ с помощью Phylip;
- Поиск сайтов рестрикции;
- Сверхбыстрый поиск простых и тандемных повторов;
- Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе SITECON;
- Поиск открытых рамок считывания;
- Выравнивание последовательностей с помощью алгоритма Смита-Ватермана

Integrated development environment for the Python language. It includes a graphical debugger that supports interactive exploration while suspended and auto-stopping on critical exceptions.
Main features:
- Project Manager;
- Editor with syntax highlighting;
- Debugger, profiler;
- Run Python code with support for command line parameters;
- Unit testing;
- Console for output and task manager (self-renewing TODO sheet).

Cycas полный 2D +3 D ​​CAD пакет для X11. Некоторые из его особенностей: Простота в использовании GTK + интерфейс, WYSIWYG дисплей, печати, черчения, фильтров импорта / экспорта, фотореалистичной визуализации, специальные методы для архитектурного проектирования, полный HTML документацию, учебные пособия, например рисунков, шрифтов и символов.

GNS3 (graphical network simulator) — мощный симулятор, позволяющий эмулировать сети большого размера. Полезен администраторам и инженерам, а также пользователям, которые готовятся к сдаче сертификатов Cisco (CCNA, CCNP, CCIP, CCIE) и Juniper Networks (JNCIA, JNCIS, JNCIE). Кроме образов Cisco IOS, GNS3 умеет работать с olive образами JunOS.
Возможна эмуляция простых Ethernet, ATM и Frame Relay свитчей и файеров (ASA, PIX). Позволяет подключить виртуальный свитч к сетевой карте реальной или виртуальной системы. Все настройки производятся в интуитивно понятной графической среде.

Есть возможность создать свою физическую модель, приложить различные силы и запульнуть какой-нибудь кубик далеко и надолго

Chemtool - 2D-редактор для рисования химических соединений под X11 (используется GTK+). Он поддерживает много стилей соединения, большую часть видов отображения текста, используемых в химии и сплайновые/дуговые/кривые стрелки.
Рисунки можно экспортировать в форматы MOL и PDB, для дальнейшего описания - в SVG или XFig, в виде рисунков PiCTeX, в растровые или Postscript файлы (для некоторых операций используется программа из XFig -- transfig).
Также пакет содержит вспомогательную программу, cht, для вычисления формул и (точного) молекулярного веса нарисованного элемента файла chemtool. Cht может вызываться прямо из Chemtool или из консоли.

KTuberling - художественная игра для маленьких детей, которая включает несколько задач. нарисовать для картофеля смешное лицо, одежду, другие доспехи, построить маленькое место, создать в нем школу, зоопарк, пожарную охрану, создать фантастический ландшафт на Луне с космическим кораблем и инопланетянами.
KTuberling называет каждый предмет на нескольких языках, что помогает улучшить словарный запас

Маленькая программа, основанная на X/GTK+, позволяет просматривать периодическую таблицу химических элементов и некоторую, более детальную, информацию о каждом элементе. На данный момент доступно 118 элементов