Система комп'ютерної алгебри Maxima - має найширший набір засобів для проведення аналітичних обчислень, чисельних обчислень і побудови графіків.
По набору можливостей система близька до таких комерційних систем як Maple і Mathematica.
Це єдина з існуючих систем аналітичних обчислень, яка може працювати на всіх основних сучасних операційних системах на комп'ютерах, починаючи від найпотужніших аж до наладонних комп'ютерів.

GRASS (Geographic Resources Analysis Support System) - это геоинформационная система (GIS), используемая для обработки и анализа геопространственных данных, обработки изображений, создания графики и карт, пространственного моделирования и визуализации. В настоящее время GRASS применяется в академической и коммерческой деятельности, используется многими правительственными агентствами и экологическими консалтинговыми компаниями.

Це повністю готова система візуалізації молекул (молекулярної візуалізації) для використання в структурній біології.
Дозволяє створювати високоякісні тривимірні зображення як малих молекул, так і біологічних макромолекул, насамперед білків.
Приблизно чверть усіх зображень структур білків, що публікуються в науковій літературі, зроблено за допомогою PyMOL.

Merkaartor - редактор карт для OpenStreetMap.org, карт усього світу, які може редагувати будь-яка людина.
Можливості:
✔ скачування і відправка даних на сервер OpenStreetMap
✔ відкриття файлів .osm і .gpx < br /> ✔ створення і переміщення точок, ліній і областей
✔ додавання тегів, видалення об'єктів
✔ зміна напрямку, розбиття та об'єднання ліній
✔ візуалізація деяких областей leisure / landuse і типів доріг
✔ відображення інформації GPS

SQLiteman - інструмент адміністрування баз даних sqlite3 в графічному інтерфейсі дуже простий у використанні.

Даний продукт багато в чому є аналогом (а подекуди і набагато більш функціональний) комерційного пакету Vector NTI, однак відрізняється кроссплатформенную, підтримкою можливостей сучасного заліза (многопоточность, CUDA) і можливістю самому писати плагіни або мишеклікабельно створювати обчислювальні ланцюжки з плагінів вже існуючих.

Основні можливості:
- Множина вирівнювання послідовностей на основі MUSCLE 3 і MUSCLE 4;
- Аналіз за допомогою прихованих марківських моделей, заснований на HMMER 2 і HMMER 3;
- Дизайн ПЛР-праймерів за допомогою Primer 3;
- Передбачення вторинної структури білків за допомогою GOR IV і PSIPRED;
- Філогенетичний аналіз за допомогою Phylip;
- Пошук сайтів рестрикції;
- Супершвидкий пошук простих і тандемних повторів;
- Аналіз сайтів зв'язування транскрипційних факторів на основі SITECON;
- Пошук відкритих рамок зчитування;
- Вирівнювання послідовностей за допомогою алгоритму з мита-Ватермана.

KWordQuiz є спільною програмою флеш мети, що часто використовується для словника навчання. KWordQuiz може відкрити словник даних в різних форматах, в тому числі kvtml формат, який використовується в KDE програм, таких як Парлі, WQL формат, який використовується WordQuiz для Windows, xml.gz формат, який використовується Паукер, і CSV текст.

MathMod позволяет строить трехмерные математические поверхности, описываемые неявными или параметрическими уравнениями, и предлагает очень большую базу данных образцов моделей, которые можно сгенерировать с его помощью.
Он визуализирует и анимирует неявные и параметрические поверхности.
MathMod поддерживает:
✔ 3D и 4D черчение и анимацию
✔ текстуры и пигментацию
✔ эффекты шума и турбулентности
Имеет большой набор скриптовых примеров. Формат выходного файла OBJ.

Tux, of Math Command (TuxMath) є освітньої аркадной грою за участю Тукса, талісмана Linux! Заснована на сюжеті класичної аркадной гри Missile Command. Тукс повинен захищати своє місто. Однак, в даному випадку, він робить це, вирішуючи арифметичні задачі

Об'єктно-орієнтована діалект мови BASIC, доповнений інтегрованим середовищем розробки і працює на GNU / Linux та інших UNIX-подібних операційних системах.

Він являє собою засіб, аналогічне Visual Basic в плані розробки програм на Basic.

Gambas замислювався як альтернатива для Microsoft Visual Basic розробників, які вирішили перейти на GNU / Linux