GeoGebra - вільно-розповсюджувана (GPL) динамічна геометрична середовище, яке дає можливість створювати креслення в планіметрії, зокрема, для побудов за допомогою циркуля і лінійки.
Крім того, у програми багаті можливості роботи з функціями (побудова графіків, обчислення коренів, екстремумів, інтегралів і т.д.) за рахунок команд вбудованої мови (який, до речі, дозволяє управляти і геометричними побудовами).
Програма написана Маркусом Хохенвартером на мові Java (відповідно кроссплатформенная, тобто працює на великій кількості операційних систем, де є віртуальна машина java). Переведена на 39 мов. Повністю підтримує російську мову

Quantum GIS (QGIS) є географічною інформаційною системою (ГІС) з дружнім інтерфейсом і відкритим вихідним кодом. QGIS поширюється на умовах ліцензії GNU General Public License і працює в Linux, Unix, Mac OSX і Windows.
QGIS підтримує векторні і растрові формати (в тому числі широко поширені ESRI Shapefile і GeoTIFF), а також просторові бази даних. Для QGIS існує безліч всіляких плагінів, управління якими здійснюється за допомогою Менеджера плагінів.

молекулярне проектування і система моделювання спрямовані на молекули і біомолекули. Він може показати такі властивості як молекулярні орбіталі або електростатичні потенціали і можливості інтуїтивного молекулярного будівельника.
Особливості:
✔Молекулярний модельєр з автоматичним силовим полем на основі оптимізації геометрії
✔Молекулярной механіки в тому числі обмеження і конформера пошуку
✔Візуалізація молекулярних орбіталей і загальних ізоповерхонь
✔Візуалізація коливань і побудова коливальних спектрах
✔Поддержка кристалографічних осередків
✔Ведіть покоління Gaussian, GAMESS і MOLPRO пакетів квантової хімії
✔Гнучка архітектура плагінів і сценаріїв Python
Avogadro підтримує формати файлів PDB, XYZ, CIF, Molden, а також Gaussian, GAMESS і створені MOLPRO.

Griffon IDE - це інтегроване середовище (IDE) для HTML, Bash, Perl, PHP, C і т.д.

Дозволяє генерувати вихідний код в кілька кліків, уникаючи пасток. Має автодоповнення, вбудований термінал, управління проектом на C, автоматичну заміну тексту.

GRASS (Geographic Resources Analysis Support System) - это геоинформационная система (GIS), используемая для обработки и анализа геопространственных данных, обработки изображений, создания графики и карт, пространственного моделирования и визуализации. В настоящее время GRASS применяется в академической и коммерческой деятельности, используется многими правительственными агентствами и экологическими консалтинговыми компаниями.

KWordQuiz є спільною програмою флеш мети, що часто використовується для словника навчання. KWordQuiz може відкрити словник даних в різних форматах, в тому числі kvtml формат, який використовується в KDE програм, таких як Парлі, WQL формат, який використовується WordQuiz для Windows, xml.gz формат, який використовується Паукер, і CSV текст.

програма для візуалізації та роботи з багатовимірними поверхнями, які визначаються математичними рівняннями. Так само може застосовуватися як редактор моделей для POV-Ray в області параметричних поверхонь.

Даний продукт багато в чому є аналогом (а подекуди і набагато більш функціональний) комерційного пакету Vector NTI, однак відрізняється кроссплатформенную, підтримкою можливостей сучасного заліза (многопоточность, CUDA) і можливістю самому писати плагіни або мишеклікабельно створювати обчислювальні ланцюжки з плагінів вже існуючих.

Основні можливості:
- Множина вирівнювання послідовностей на основі MUSCLE 3 і MUSCLE 4;
- Аналіз за допомогою прихованих марківських моделей, заснований на HMMER 2 і HMMER 3;
- Дизайн ПЛР-праймерів за допомогою Primer 3;
- Передбачення вторинної структури білків за допомогою GOR IV і PSIPRED;
- Філогенетичний аналіз за допомогою Phylip;
- Пошук сайтів рестрикції;
- Супершвидкий пошук простих і тандемних повторів;
- Аналіз сайтів зв'язування транскрипційних факторів на основі SITECON;
- Пошук відкритих рамок зчитування;
- Вирівнювання послідовностей за допомогою алгоритму з мита-Ватермана.

Маленька програма, заснована на X / GTK +, дозволяє переглядати періодичну таблицю хімічних елементів і деяку, більш детальну, інформацію щодо кожного елемента. На даний момент доступно 118 елементів.

Quanta Plus підтримує HTML, XHTML, CSS, XML, PHP і інші XML-Based і скриптові мови з функцією набору і редагування html-коду: автоматичне введення основних тегів і їх атрибутів, підсвічування синтаксису, попередній перегляд Web-сторінки і т.д. Дуже розвинені засоби обробки текстів: пошук і заміна (в тому числі з використанням регулярних виразів), перевірка орфографії.
Програма також має засоби управління проектами і WYSIWYG-редактор, що дозволяє виконувати html-розмітку методами, звичними по роботі з текстовими процесорами .
Quanta Plus також допускає прийоми роботи з мовою розмітки XML і таблицями стилів, сценаріями PHP.
А також має вбудований попередній перегляд, відладчик для PHP і підтримує CVS і Subversion.