Це повністю готова система візуалізації молекул (молекулярної візуалізації) для використання в структурній біології.
Дозволяє створювати високоякісні тривимірні зображення як малих молекул, так і біологічних макромолекул, насамперед білків.
Приблизно чверть усіх зображень структур білків, що публікуються в науковій літературі, зроблено за допомогою PyMOL.