Система контролю версій Subvervion, вона ж SVN, надзвичайно зручна для невеликої групи, особливо якщо серйозних вимог по гілках і їх злиття не пред'являється. І хоча в консолі Subversion користуватися зручно і просто, іноді буває зручніше переглянути графічно історію версій або швидко витягти потрібний файл певної ревізії.

Даний продукт багато в чому є аналогом (а подекуди і набагато більш функціональний) комерційного пакету Vector NTI, однак відрізняється кроссплатформенную, підтримкою можливостей сучасного заліза (многопоточность, CUDA) і можливістю самому писати плагіни або мишеклікабельно створювати обчислювальні ланцюжки з плагінів вже існуючих.

Основні можливості:
- Множина вирівнювання послідовностей на основі MUSCLE 3 і MUSCLE 4;
- Аналіз за допомогою прихованих марківських моделей, заснований на HMMER 2 і HMMER 3;
- Дизайн ПЛР-праймерів за допомогою Primer 3;
- Передбачення вторинної структури білків за допомогою GOR IV і PSIPRED;
- Філогенетичний аналіз за допомогою Phylip;
- Пошук сайтів рестрикції;
- Супершвидкий пошук простих і тандемних повторів;
- Аналіз сайтів зв'язування транскрипційних факторів на основі SITECON;
- Пошук відкритих рамок зчитування;
- Вирівнювання послідовностей за допомогою алгоритму з мита-Ватермана.

гра, що навчає машинопису. У головній ролі - Тукс, пінгвін, який є символом Linux. Гравець допомагає Тукса їсти рибу, падаючу з верхньої частини екрану. На кожній рибі написана буква. Коли гравець натискає відповідну клавішу, Тукс переміщається, щоб з'їсти рибу. Гра розрахована на дітей, які навчаються використанню клавіатури, однак вона містить складні рівні, які будуть важкі навіть для досвідчених користувачів

Xoscope - це програмний осцилограф, який використовує вхід звукової карти або EsounD і / або ProbeScope / osziFOX і незабаром буде підтримувати обладнання Bitscope. Включає відображення 8 сигналів, перемикач тривалості часу, математичні функції, пам'ять, вимірювання величин, і завантаження / збереження в файл.

SQLiteman - інструмент адміністрування баз даних sqlite3 в графічному інтерфейсі дуже простий у використанні.

Освітнє програмне забезпечення, покликане зробити вивчення програмування простим та захоплюючим.

Greenfoot - це інтегроване середовище розробки з використанням Java або Stride, призначене в першу чергу для освітніх цілей на рівні середньої школи та бакалаврату. Це дозволяє легко розробляти двовимірні графічні програми, такі як симулятори та інтерактивні ігри.

Kst - це утиліта для швидкої побудови і перегляду в режимі реального часу графіків і діаграм, побудованих на базі наборів даних великого обсягу. Програма має багаті можливості аналізу даних, функціональність розширюється за допомогою плагінів. Kst має великий набір функцій по обробці та візуалізації даних, фільтрації та апроксимації кривих, а також дозволяє безпосередньо редагувати побудовані графіки. Програма має як графічний інтерфейс, так і інтерфейс командного рядка, підтримує декілька популярних форматів даних та високоякісний експорт в растрові і векторні формати.

Програма для нелінійної апроксимації і аналізу функцій. Дозволяє проводити візуалізацію даних, а основне її призначення - поділ перекриваючих піків, і підбір параметрів методом найменших квадратів з використанням стандартного алгоритму Левенберга-Марквардта, звичайного алгоритму або сімлексного методу Нелдера-Міда.
За замовчуванням у програмі є вбудовані загальні «дзвоновидні »(bell-shaped) функції (Gaussian, Loretzian, Pearson 7, Voigt, Pseudo-Voigt) і поліноми. Будь-які ж призначені для користувача функції можуть бути легко додані. Підтримують також фонову заміну змінних, калібрування даних і автоматизацію завдань за допомогою простої скриптової мови програмування.

Эта программа представляет собой реализацию оригинальных счетов, она предоставляет китайскую, японскую, корейскую, римскую и русскую версии и может быть изменена для использования другими.

Veusz – це пакет для створення 2D та 3D наукових графіків, призначений для створення готових до публікації PDF, SVG, Postscript та растрових зображень.
Veusz надає графічний інтерфейс, командний рядок та інтерфейс сценаріїв (на основі Python) для своїх засобів побудови графіків.
Графіки будуються з використанням об'єктно-орієнтованої системи, що забезпечує одноманітний інтерфейс.