UGENE - биоинформатика для молекулярного биолога
Даний продукт багато в чому є аналогом (а подекуди і набагато більш функціональний) комерційного пакету Vector NTI, однак відрізняється кроссплатформенную, підтримкою можливостей сучасного заліза (многопоточность, CUDA) і можливістю самому писати плагіни або мишеклікабельно створювати обчислювальні ланцюжки з плагінів вже існуючих.
Основні можливості:
- Множина вирівнювання послідовностей на основі MUSCLE 3 і MUSCLE 4;
- Аналіз за допомогою прихованих марківських моделей, заснований на HMMER 2 і HMMER 3;
- Дизайн ПЛР-праймерів за допомогою Primer 3;
- Передбачення вторинної структури білків за допомогою GOR IV і PSIPRED;
- Філогенетичний аналіз за допомогою Phylip;
- Пошук сайтів рестрикції;
- Супершвидкий пошук простих і тандемних повторів;
- Аналіз сайтів зв'язування транскрипційних факторів на основі SITECON;
- Пошук відкритих рамок зчитування;
- Вирівнювання послідовностей за допомогою алгоритму з мита-Ватермана.
